A XVIII. század eleji szekrény csaknem 100 %-os, a XVIII. századi sípmű mintegy 90 %-os állapotban fennmaradt, akárcsak a főmű és a pedál korabeli mechanikája.

A munkálatok célja így a Pazický által létrehozott barokk, hátuljátszós forma restaurálása, illetve a még fellelhető analógiák alapján történő rekonstruálása volt.

2002. április 15-én végre megkezdődhetett az orgona restaurálása. A szekrény stabilizálása és kiegészítése után a pozitív homlokzata és a sípmű visszakerült a nagy orgonaház alsó részébe. Mivel a hangszer Esztergomban a mellvédben állt, az egykori látvány felidézése és a jobb kihangzás végett az egész orgona az 1941-ben a hátpozitív számára kialakított (a restaurálás során megnagyobbított), előreugró kiserkélyre került. A nagy szekrény eredeti festése meglehetősen jó állapotban megmaradt, amit ezért nagyrészt elég volt retusálni. Pazický az általa beépített részeket nem festette le, ezek színeit - a későbbi építési szakaszra utalva kissé eltérő módon - a nagy szekrény árnyalataihoz igazították. A szekrény oldalán egy kis felületen bemutatásra kerültek a különböző festékrétegek.

A szélládákat és a mechanikát az orgonaépítő eredeti állapotuknak megfelelően restaurálta. A pozitív számára új stecheres játszótraktúra készült. Ehhez és a manuálkopula szerkezetéhez - a hangszerben talált nyomok alapján - az analógia a poroszkai (ma Pruské, Szlovákia) r. k. plébániatemplom Pazický-orgonája volt. A manuálklaviatúrák összeállításához több korabeli hangszer szolgált mintául. A kétmanuálos billentyűzet szerkezete a bacsfai (Bac, Szlovákia) ferences templom ismeretlen eredetű orgonája alapján készült. A billentyűprofilokhoz a poroszkai ferences templomban megmaradt egyetlen eredeti Pazický-billentyűzet nyújtott támpontot. A hiányzó pedálbillentyűzet, a pad és a regiszterhúzók a beckói (Beckov, Szlovákia) Pazický-orgona alapján készültek. A regiszterfeliratok betűtípusa a megmaradt Pazický-táblák betűit követi.

A pozitív homlokzati sípjai eredetiek (Pazický ). A főmű horgany sípjainak helyére új ón homlokzati sípok készültek 70 %-os ötvözetből. Néhány homloksíp a kor szokásának megfelelően, felvidéki minták alapján, domborított díszítést kapott. Az eredeti menzúrahaladvány szerint megépült a mixtúra hiányzó, de eredetileg tervezett második, kisebbik sora is.

A megmaradt darabokból kellett rekonstruálni az orgona háta mögött álló fúvóházat és a töredékes lenyomatokból a taposókkal ellátott két új ékfúvót. A hangszer úgy fújtató-ventillátor nélkül is működtethető. Kísérletek alapján a szélnyomás 65 mm-re adódott, a hangolási magasság 25 C fokon 448 Hz. Az orgona a Werckmeister iII. temperatúra szerint lett behangolva.

A hangszer most ismét eredeti szépségében pompázik. A Pazický-féle átalakítással (1778) létrejött állapotába visszaalakítva ez a hangszer ma Magyarország legrégebbi és legteljesebb állapotban megőrződött kétmanuálos nagyorgonája.  

Diszpozíciója: II. manuál (főmű, C/E - c 3 , rövid alsó oktáv, 45 hang - 1700 -1739)

Principal (8')

Copula maior (8')

Octav (4')

Copula minor (4')

Quinta (2 2/3')

Sedecima (2')

Quint minor (1 1/3')

Mixtura (2x1')

I. manuál (pozitív / alsómű, C/E - c 3 , rövid alsó oktáv, 45 hang - 1778)

Coppel (8')

Quintadena (8')

Flauta minor (4')

Principal (4')

Octav (2')

Superoctav (1')

pedál (C/E - a, rövid alsó oktáv, 18 billentyű és hang)

Petal (Subbass 16' + Bordun 8')

Burdon bass (8' - 1778 )

Flauta bass (4' - 1778 )

Copula claviaturae ( 1778 )

A restaurálás kivitelezője a Varga Orgonaépítő Kft. volt Varga László orgonaépítő mester vezetésével. Szakértőként közreműködtek Hock Bertalan és Sirák Péter orgonaművészek, orgonarestaurátor-szakértők. A szekrény felújítását Schwartz Rezső, a táblaképekét Jeszeniczky Ildikó és Perjés Edit restaurátorok végezték.

Hock Bertalan